【2025】マイナンバー管理システムを徹底比較！機能や価格・選び方を解説

本記事では、マイナンバー制度と企業に求められる対応、マイナンバー管理のシステム化のメリットをわかりやすく解説しています。また、製品の比較検討時に押さえておきたいポイントも紹介していますのでぜひご参照ください。

マイナンバー管理システムとは

マイナンバー管理システムとは、企業がマイナンバーの収集や利用、保管、廃棄までの必要なプロセスをクラウド上で一括管理できるシステムです。ペーパーレス化によって、物理的な保管の負担軽減や紛失リスクの回避を実現し、法律に準拠した安全で適切なマイナンバー運用をサポートします。

マイナンバー制度とは

2016年1月より、マイナンバー制度の運用が開始され、全ての企業に従業員や取引先などのマイナンバーを収集し、適切に管理することが義務付けられました。特に入退社の手続きでは、多くの書面にマイナンバーの記載が必要です。

具体的には、以下が該当します。

企業は、個人情報にも紐づく上記の書面およびマイナンバーを適切で安全に管理することが求められています。

企業に求められる安全管理措置とは

マイナンバー制度の導入に伴い、企業がマイナンバーを適切かつ安全に管理できるよう、「基本方針」や「取扱規定等」の策定に加え、安全管理措置対策が求められています。

安全管理措置とは、マイナンバーとそれに紐づいて管理される特定個人情報（住所や氏名など）の漏えいや紛失の防止などのために取るべきものであり、下記4つの対策で構成されています。

企業は、上記4つの安全管理措置に従って、マイナンバーの漏えい、紛失、毀損などの危険を回避し、マイナンバーが安全に管理できるよう、万全な対策を講じることが必要になりました。（個人情報保護委員会事務局｜はじめてのマイナンバーガイドライン）

マイナンバー管理システムは、ペーパーレス化や適正なセキュリティ管理によって、安全管理措置ガイドラインを遵守したマイナンバー管理を行えます。

マイナンバー管理システムの導入メリット

マイナンバー管理システムの導入によって企業が得られるメリットは以下の4点です。

1. 安全管理措置への適切で効率的な対処

企業は、マイナンバーの漏えいや紛失のリスクに備えて、適切な安全管理措置を講じることが求められています。しかし、その体制を迅速に整えることは容易ではなく、企業にとって負担が大きいものです。また、紙ベースでの取り扱いになるため、管理が煩雑になったり、人為的ミスが発生しやすくなったりします。

マイナンバー管理システムを活用すれば、各種帳票がシステム上に電子保存されるため、物理的な保管や紛失のリスクをなくし、データの暗号化によってセキュリティを担保した運用体制が整うでしょう。

また、システム化により、マイナンバー管理の手順が標準化されるので、教育コストや時間的コストを大きく削減します。

2. 従業員のマイナンバーを一括管理

マイナンバー管理システムを導入することで、マイナンバーの運用における一連の業務プロセスを一元的に管理することが可能です。

まず、マイナンバーや本人確認書類、マイナンバー利用履歴などがシステム上に集約され、書類の収集告知や利用を一括操作で行えます。また、従業員の個人情報を含む全てのデータは、高度なセキュリティ対策が備わっているクラウド上のサーバーで保管されるため、漏えいや紛失のリスクを抑えることが可能です。保管期限が過ぎた書類や番号の存在を通知し、不要な情報を直ぐに廃棄できる機能なども搭載されています。

マイナンバー管理に関連する業務をシステム化することで、今までかかっていた管理工数を削減やペーパレス化を実現し、法律に準拠した安全かつ適切なマイナンバーの運用を行えるでしょう。

3. 帳票作成の簡略化

マイナンバー制度の運用開始に伴って、さまざまな帳票にマイナンバーの記載が義務付けられました。源泉徴収票や健康保険被保険者資格届、雇用保険被保険者資格届など、企業で取り扱う100種類以上の帳票でマイナンバーが必要になります。

マイナンバー管理システムを労務管理システムなどの外部ツールと連携することで、マイナンバーの記載が必要になる帳票の多くを自動作成することが可能です。また、自動化により、転記ミスの防止や入力作業の工数削減にも繋がるでしょう。

4. 法改正へのスムーズな対応

政府の日本再興戦略やIT戦略で公表された「マイナンバー制度導入後のロードマップ」では、マイナンバーの利用範囲の拡大が計画されており、それに伴って法改正が行われることが見込まれます。

マイナンバー管理システムでは、マイナンバー法の改正に合わせて、サービス会社側がシステムの仕様をアップデートするため、企業側の対応負担や人為的ミスが軽減され、スムーズに順応することが可能です。

マイナンバー管理システムの選び方・比較ポイント

マイナンバー管理システムの比較検討時には、システムの導入先となる自社の企業規模や運用体制、業務課題を把握し、あらかじめ製品の選定基準の定めておくことが重要です。サービスによって細かい機能も異なるため、優先順位を付けて、コストバランスを見ながら絞り込みをかけていくと良いでしょう。

以上を踏まえ、具体的な比較ポイントは下記3点です。

1. 製品タイプ

マイナンバー管理をペーパーレス化し、システム上で運用する場合は、以下2つの方法があります。

専用型のマイナンバー管理システムでは、人事労務システムとの連携やCSVファイルの取り込みやによって、社員データの同期や源泉徴収票などの作成を行います。

一体型は、既に労務管理システムを利用している場合、製品の乗り換えを検討しなければなりませんが、社内で運用するシステムを1つに集約できる利点もあります。マイナンバー管理の周辺業務も含めて業務改善を行いたい場合は、マイナンバー管理対応の労務管理システムを検討してみても良いでしょう。 

2. 導入形態・料金形態

マイナンバー管理システムの導入形態には、Web上に準備されたシステムに各自がインターネット経由でアクセスして利用する「クラウド型」と、自社で準備したサーバーにマイナンバー管理システムをインストールして、社内ネットワークで利用する「オンプレミス型」の2つのタイプがあります。

クラウド型のマイナンバー管理システムは、ログイン情報があれば、時間・場所・デバイスを問わず利用できます。初期費用が無料もしくは比較的安価で、従業員数や付帯機能に応じて月額料金または年額料金がかかる料金体系をとっていることが多いです。

一方でオンプレミス型は、初期費用が高く、導入に1ヶ月以上かかることもありますが、カスタマイズ性に優れており、自社のセキュリティポリシーに基づく管理・運用ができます。クローズド環境や社内ネットワークでの利用に適しており、官公庁、市町村、自治体のほか、大規模な企業・組織で採用されることが多いです。 

3. 管理の対象範囲

ビジネスを行う上で、マイナンバー管理の対象者となるのは従業員とその扶養家族だけではありません。企業から個人事業主に源泉徴収が必要な報酬を支払っている場合は、税務署に提出する支払調書に個人事業主のマイナンバーの記載が義務付けられています。

具体的には以下ような場合が該当します。

取引先が管理の対象外の場合は、紙ベースでマイナバーを管理することになるので、管理コストがかかったり、管理が煩雑になる可能性も否めません。自社の取引状況を踏まえた上で、対象範囲に注意しながら比較検討してみましょう。